Desde el Apertura 2011 los Rayos descencieron a la división de plata y en el Clausura 2016 regresaron a la Liga MX

Necaxa tuvo que esperar un largo tiempo para volver a Primera División tras vencer con marcador global de 3-0 a FC Juárez, pues tras 5 años en el Ascenso MX vuelve al Máximo Circuito.

Fue en el Clausura 2011 cuando los Rayos peleaban el descenso. Un gol de Arturo Javier Ledesma contra Atlante los mantenía con vida, pero el árbitro sancionó un penalti en contra de Necaxa, que cobró Christian Bermúdez acertadamente para así mandarlos a la división de plata.

Desde entonces, los Hidrorayos se mantuvieron cerca de regresar a Primera, puesto que accedían constantemente a la Liguilla, pero eran eliminados o quedaban como subcampeones.

Sin embargo, el 21 de marzo de 2014 el entonces presidente del club, Yon de Luisa, informó que el equipo había sido vendido al grupo de inversionistas encabezados por Ernesto Tinajero y Guillermo Cantú.

Bajo la nueva administración, los Rayos salieron campeones del Apertura 2014 al vencer a Tepic en la Final, pero perdieron el encuentro por el Ascenso contra los Dorados.

Ahora, en el Clausura 2016 Necaxa venció a Zacatecas en la Final y se proclamó campeón del torneo y se enfrentó en el partido para acceder a la Liga MX contra FC Juárez, a quien venció.