El defensa central Rafael Márquez fue presentado oficialmente en el club Atlas, equipo que vio nacer su carrera futbolística, de cara al torneo Clausura 2016.

Puedo decir que el título con Atlas sería lo más importante de toda mi carrera… sería la cereza en el pastel terminar mi carrera con un título en el Atlas», dijo el jugador en conferencia de prensa.

Estoy en la recta final de mi carrera, pero físicamente me encuentro como para competir en un nivel óptimo», afirmó el llamado Kaiser.

Debutó en la Primera División de México en 1996 en la fecha 11 del torneo Invierno 96, la noche del 19 de octubre de 1996, en el empate a 2 goles frente al equipo de los pumas de la UNAM.

Tuvo una temporada destacada en el Torneo Verano 1999 con el Atlas. Compuesto por un grupo mayoritariamente joven conocido como «los niños héroes», lograron llegar a la final en contra del Toluca. Fue un partido parejo, llevándolos a la tanda de penaltis. Al final Toluca se impuso en la tanda y se llevó el título.

Márquez es una de las joyas producidas por la cantera del Atlas y se ha declarado rojinegro de corazón en numerosas ocasiones.