Para el Torneo de Copa del Clausura 2016 al lado de Atlas, Xolos y Murciélagos

Los Coras FC se ubicaron en el Grupo II del Torneo de Copa en el Clausura 2016. El equipo del Tepic jugará ante Atlas, Xolos y Murciélagos FC.
El campeón del Apertura 2015, FC Juárez participará por vez primera en el certamen copero donde 13 equipos defenderán al Circuito de Plata, luego de que los tres últimos en la clasificación general, Zacatepec Siglo XXI, Correcaminos de la UAT y Cimarrones de Sonora, quedaron fuera.
Bravos del FC Juárez y Leones Negros de la Universidad de Guadalajara fueron colocados en el Grupo 1, junto con Guadalajara y Dorados de Sinaloa de la Liga MX.
Atlético San Luis y Celaya serán los representantes del Ascenso MX en el Grupo 3, en tanto que Monterrey y Pachuca estarán por la Liga MX. En el Grupo 4 quedaron sembrados los Rayos del Necaxa y Mineros de Zacatecas, así como León y Monarcas Morelia.
Alebrijes de Oaxaca y Lobos BUAP fueron ubicados en el Grupo 5, donde también estarán Jaguares de Chiapas y Tiburones Rojos de Veracruz.
Finalmente, en el Grupo 6, quedaron ubicados tres equipos del Ascenso MX, Atlante, Venados de Yucatán y Cafetaleros de Tapachula, en tanto que Cruz Azul defenderá el honor de la Liga MX.