El iris, o la membrana coloreada del ojo, se compone de dos capas: el epitelio, en la parte posterior, y el estroma, en la parte superior. El epitelio tiene tan sólo dos células de espesor y contiene pigmentos de color negro-marrón. El estroma, por el contrario, se compone de fibras de colágeno sin color. A veces, éstas contienen un pigmento oscuro denominado melanina. Otras veces contienen depósitos de colágeno. Curiosamente, son estos dos factores que controlan el color de los ojos.

Los ojos marrones, por ejemplo, presentan un alta concentración de melanina en el estroma, la cual absorbe la mayoría de la luz que entra al ojo, independientemente de los depósitos de colágeno.

En cambio, los ojos verdes no poseen gran cantidad de melanina, pero tampoco tienen depósitos de colágeno. Por lo tanto, mientras que cierta porción de la luz que entra en ellos es absorbida por el pigmento, las partículas del estroma también dispersan la luz como resultado del efecto Tyndall, lo que crea un tono azul. Combinado con la melanina oscura, se obtiene la apariencia de un color verde.

Curiosamente, el color de los ojos azules es completamente estructural. El estroma de las personas de ojos claros carece de pigmento y de depósitos de colágeno. Esto significa que la luz que entra al ojo se dispersa creando una tonalidad azul (a causa del efecto Tyndall).  Por lo tanto, los ojos azules en realidad no tienen un color definitivo, sino que su apariencia depende de la cantidad de luz disponible en el momento en que los ves.